油菜菌核病从苗期到成熟期都可发生。虽然该病以开花后期至结荚期发生最为严重，但早期预防对控制病害的发生非常关键。预防油菜菌核病可采取以下措施。
        及时清沟排水，降低田间湿度。开春后雨水增多，油菜田间荫蔽度加大，如果排水不良，湿度增高，会诱发菌核病的发生。因此，要特别注意做好清沟排水工作，保证畦沟无积水，降低田间湿度，抑制病害发生。
       增施磷钾肥料，增强植株抗性。早春油菜适时适量施用春肥，有利于加快油菜生长发育，促进油菜春发。但要注意，不能偏施重施氮肥，应增施磷钾肥料，促使油菜茎秆坚硬，增强植株对病菌的抵抗力。
        及时摘除黄叶，减少病菌数量。油菜进入薹期，及时摘除基部黄叶，可改善田间通风透光条件，切断病叶上菌丝体向茎秆再侵染的途径，减少病害发生。摘黄叶时不要损伤油菜茎秆表皮，否则病菌会从伤口侵入，加重菌核病发生。摘黄叶宜在初花期前。因黄叶中含有大量的病菌，故摘下的黄叶应集中起来，带出田外沤肥或用作饲料。
       选择有效农药，及时喷药防治。对付油菜菌核病，农药防治不可少。用药适期为初花至盛花期。可选用以下配方防治：２５％扑海因悬浮剂每亩５０克，对水５０公斤；５０％速克灵可湿性粉剂每亩２０～２５克，对水５０公斤喷施；５０％多菌灵可湿性粉剂每亩１００克，对水５０公斤。对发病较重的田块，应隔７～１０天防治一次，连续用药两次以上。