土壤中有很多种类微生物，有的是有益的，有的是无益的，有的甚至是有害的。应该有针对性地使用微生物菌剂（肥料）。就像我们发馒头需要用“老面”、做泡菜需要用“老盐水”一样，来提高土壤中有益微生物的活性和作用。
    微生物肥料是活的生物体，有它自身的特点，如肥料的质量人眼不能判定，只能通过分析测定；合格的微生物肥料对环境污染少；微生物肥料用量少，每亩通常使用500~1000克微生物菌剂；肥料作用的大小，容易受光照、温度、水分、酸碱度等影响。微生物肥料的有效期限，通常为半年至一年。施用方法比化肥、有机肥料要求严格。因此，要注意的是：微生物肥料购买回家后，要尽快施到地里，并且开袋后要一次用完；未用完的微生物肥料，要妥善保管，防止微生物肥料中的细菌传播；微生物肥料可以单独施入土壤中，但最好是和有机肥料（如渣土）混合使用，不要和化学肥料混合使用；微生物肥料要施入作物根正下方，不要离根太远，同时盖土，不要让阳光直射到菌肥上；微生物肥料主要用作基肥，不宜叶面喷施；微生物肥料的使用，不能代替化肥的使用。